Jako technolog produkcji broni brał udział w opracowaniu wielu polskich konstrukcji broni, zwłaszcza współpracując z konstruktorem Piotrem Wilniewczycem, ponadto wykładał w Szkole Technicznej Podchorążych Lotnictwa.
Najbardziej znaną konstrukcją Wilniewczyca i Skrzypińskiego był opracowany w 1931 roku pistolet samopowtarzalny kaliber 9 mm Vis, który stał się przepisowym pistoletem Wojska Polskiego, produkowanym seryjnie od 1936 roku pod oznaczeniem pistolet VIS wz. 35. W 1938 Wilniewczyc razem ze Skrzypińskim skonstruowali pistolet maszynowy 9 mm Mors, który miał być przyjęty na uzbrojenie Wojska Polskiego jako pistolet maszynowy Mors wz. 39, lecz przed wybuchem wojny wykonano tylko serię informacyjną ok. 50 sztuk. Jan Skrzypiński pracował także nad innymi wzorami uzbrojenia m.in. pociskiem o napędzie rakietowym „Skowronek”, lufą karabinową z bruzdami Lancastera i lufą z przewodem stożkowym. Był również projektantem podstawy trójnożnej PL 20 A do najcięższego karabinu maszynowego FK wz. 38 model C.