Cyrylicy używali powszechnie Karaimi na Krymie oraz w Litewskiej SRR.
W latach międzywojennych w Polsce rozpowszechniło się użycie ortografii opartej na pisowni polskiej (używano znaków ch, cz, ć, dz, dź, ł, ń, sz, ś, w, y, ż, ź) uzupełnionej o znaki specjalne (ö, ü, ť, ď). Była stosunkowo regularna, chociaż istniały trzy sposoby zapisu zmiękczonej głoski k w pozycji przed e: zmiękczenie zaznaczano albo apostrofem (np. k’ez ‘oko’ w dialekcie południowo-zachodnim), albo literą i (tak, jak w ortografii polskiej; np. kiez ‘oko’), albo nie zaznaczając zmiękczenia wcale (np. kez ‘oko’). Po uzyskaniu przez Litwę niepodległości zmodyfikowano ten alfabet na wzór litewskiego (m.in. wprowadzono litery č, ė, š, v, ž), zachowując elementy pisowni polskiej (np. litery ch, ń, ś, ź), oraz wprowadzono znak ľ. Rzadziej funkcjonuje jednak system oparty wyłącznie na polskiej ortografii, więc nie istnieje żaden spójny system ortograficzny do północnej odmiany zapisu języka karaimskiego.