na powierzchni – znajduje się w średniowiecznym Zamku Żupnym stanowiącym siedzibę zarządu żupy od końca XIII w. do 1945. W latach 1976–1996 Zamek odrestaurowano ze środków Ministerstwa Kultury i Sztuki oraz Muzeum z przeznaczeniem dla potrzeb muzealnych. Na dziedzińcu zamkowym znajduje się najstarszy w Wieliczce szyb poszukiwawczy z połowy XIII w., baszta z XIV w. oraz fragmenty murów obronnych z XIV w. Dziedziniec jest też miejscem cyklicznych imprez w tym Summer Music Festival i Popołudnie ze Straussem. 23 czerwca 2013 zamek został wpisany na Listę Światowego Dziedzictwa Kulturowego i Przyrodniczego Ludzkości UNESCO, jako rozszerzenie wpisu dotyczącego kopalni soli.
W 2021 odznaczone Złotym Medalem „Zasłużony Kulturze Gloria Artis”, w dziedzinie muzealnictwo.
Historia powstania Muzeum Ideę ratowania wielickiej kopalni, pomnika przyrody i pracy polskich górników, podjął Alfons Długosz – artysta plastyk i profesor wielickiego gimnazjum. Jego inicjatywa utworzenia Muzeum Żup Krakowskich zyskała aprobatę ministerstw: Górnictwa oraz Kultury i Sztuki. Gromadzone przez wiele lat zbiory pozwoliły na przygotowanie w zabytkowych wyrobiskach na III poziomie kopalni podziemnej ekspozycji muzealnej.