Pierwszy lot kosmiczny Pontes miał odbyć w 2004, ale katastrofa wahadłowca Columbia 1 lutego 2003 pokrzyżowała te plany. Wrzesień 2005 – w wyniku rozmów pomiędzy agencjami kosmicznymi Brazylii i Rosji podpisano umowę o locie brazylijskiego astronauty na pokładzie rosyjskiego statku kosmicznego Sojuz TMA-8 i Międzynarodowej Stacji Kosmicznej w kwietniu 2006. Kontrakt w tej sprawie został podpisany 18 października 2005. Jesień 2005 – Pontes przeszedł uzupełniające badania medyczne w Instytucie Zagadnień Medyczno-Biologicznych (ИМБП) i 7 grudnia 2005 Państwowa Komisja Międzyresortowa dopuściła go do lotu. Grudzień 2005 – kwiecień 2006 – pod koniec 2005 oficjalnie rozpoczął przygotowania do lotu w Centrum Przygotowań Kosmonautów im. J. A. Gagarina. Został włączony do 13. stałej załogi Międzynarodowej Stacji Kosmicznej (ISS-13). Start do ośmiodniowej wyprawy statku Sojuz TMA-8, której program lotu nosił nazwę „Centenario”, nastąpił 30 marca 2006. Brazylijski astronauta wykonał szereg badań w warunkach mikrograwitacji oraz kilka eksperymentów zleconych przez brazylijskie instytuty naukowe i firmy.