Kolejną dużą zmianą było zlikwidowanie w 1956 Centralnego Urzędu Geodezji i Kartografii i powołanie w zamian Głównego Urzędu Geodezji i Kartografii jako pionu organizacyjnego Ministerstwa Spraw Wewnętrznych.
W kolejnych latach GUGiK kilkakrotnie zmieniał resorty, a w 1987 został rozwiązany (jego funkcję przejął Departament Geodezji, Kartografii i Gospodarki Gruntami Ministerstwa Gospodarki Przestrzennej i Budownictwa).
Główny Urząd Geodezji i Kartografii został ponownie powołany w styczniu 1997, jako jednostka podległa Ministrowi Gospodarki Przestrzennej i Budownictwa. Następnie, do 2005, GUGiK podlegał Ministrowi Budownictwa, od 2007 Ministrowi Spraw Wewnętrznych i Administracji, a od 2011 – Ministrowi Administracji i Cyfryzacji, natomiast od 2015 – ministrowi kierującemu działem administracji rządowej Budownictwo, planowanie i zagospodarowanie przestrzenne oraz mieszkalnictwo.
Zadania GUGiK wykonuje zadania powierzone Głównemu Geodecie KrajuArt. 7a ustawy z dnia 17 maja 1989 r.