W 2008 wystąpił z PO.

W 2006 prokurator Prokuratury Okręgowej w Krakowie złożył wniosek o uchylenie immunitetu poselskiego Tomaszowi Szczypińskiemu w związku ze śledztwem toczącym się w sprawie zakupu przez miasto Kraków pod koniec lat 90. dwóch działek, w czasie gdy był on wiceprezydentem miasta. Zdaniem prokuratura skorzystanie przez miasto z prawa pierwokupu naraziło je na straty. Kilka lat po dokonaniu tej transakcji wojewoda małopolski stwierdził, iż działki te wywłaszczono w latach 40. bezprawnie i powinny być zwrócone poprzednim właścicielom.

Tomasz Szczypiński zrzekł się immunitetu, w 2007 prokurator przedstawił mu zarzuty m.in. niedopełnienia obowiązków i przekroczenia uprawnień w tej sprawie. W sprawie tej w 2016 sąd I instancji nieprawomocnie uznał go za winnego korupcji i niegospodarności w tym przyjęcia 120 tys. zł łapówki, skazując go m.in. na karę trzech lat i sześciu miesięcy pozbawienia wolności oraz na karę grzywny.

Odznaczenia W 2000 otrzymał Krzyż Kawalerski Orderu Odrodzenia PolskiPostanowienie Prezydenta Rzeczypospolitej Polskiej z dnia 23 sierpnia 2000 r.