W styczniu 2020 został sekretarzem stanu w Ministerstwie Rozwoju. Od października 2020, po przekształceniach w strukturze rządu, był sekretarzem stanu w Ministerstwie Rozwoju, Pracy i Technologii. W trakcie pandemii COVID-19 w tym samym roku zajmował się pracami związanymi z programem „Polski Bon Turystyczny”. Był określany jako jeden z twórców oraz pomysłodawca tego programu. Pewną krytykę wywołał fakt, że do przyjmowania płatności bonem zgłosiła się zarządzana przez jego żonę spółka prowadząca hotel „Sabała”.
11 sierpnia 2021 podał się do dymisji z funkcji wiceministra w związku z ogłoszonym odwołaniem Jarosława Gowina z rządu. Dymisja ta nie została przyjęta. 17 sierpnia tego samego roku Andrzej Gut-Mostowy został powołany na sekretarza stanu w Ministerstwie Rozwoju i Technologii. Tego samego dnia ogłosił swoją rezygnację z członkostwa w Porozumieniu. Znalazł się wśród założycieli stowarzyszenia OdNowa Rzeczypospolitej Polskiej. W październiku 2021 przeszedł z Ministerstwa Rozwoju i Technologii na funkcję sekretarza stanu w Ministerstwie Sportu i Turystyki.