rządowego projektu ustawy o Agencji Bezpieczeństwa Wewnętrznego i Agencji Wywiadu. W Sejmie V kadencji przewodniczył Podkomisji stałej ds. Współpracy z Zagranicą i NATO. Od kwietnia do czerwca 2006 był wiceprzewodniczącym Komisji Nadzwyczajnej do rozpatrzenia projektów ustaw o Służbie Kontrwywiadu Wojskowego i Służbie Wywiadu Wojskowego (jednocześnie likwidujących Wojskowe Służby Informacyjne).
Od 26 czerwca 2007 był przewodniczącym Komisji ds. Służb Specjalnych. 22 i 24 sierpnia 2007 brał udział w wysłuchaniu informacji byłego ministra spraw wewnętrznych i administracji Janusza Kaczmarka ws. okoliczności śmierci Barbary Blidy oraz akcji Centralnego Biura Antykorupcyjnego w Ministerstwie Rolnictwa (tzw. afera gruntowa). Po wysłuchaniu ministra kierowana przez niego komisja wniosła o powołanie komisji śledczych do rozpatrzenia obu tych spraw.
W wyborach z 21 października 2007 po raz czwarty został wybrany do Sejmu, kandydując kolejny raz jako lider listy Platformy Obywatelskiej w okręgu chrzanowskim i otrzymując 35 779 głosów. 16 listopada 2007 objął stanowisko sekretarza stanu w Kancelarii Prezesa Rady Ministrów jako pełnomocnik rządu ds. bezpieczeństwa. 11 stycznia 2008 została przyjęta jego dymisja z tej funkcji.