Został wysłany jako student pierwszego naboru do Akademii Sztabu Generalnego Armii Czerwonej, opuścił ją jednak bez pozwolenia, nie mogąc poradzić sobie z trudnościami w nauce. Został mianowany dowódcą 25 Dywizji Piechoty i wyróżnił się podczas zdobywania Ufy. Kawaler Orderu Czerwonego Sztandaru. Zginął 5 września 1919 roku podczas ataku Kozaków uralskich na kwaterę główną 25 Dywizji w mieście Łbiszczensk (przemianowanym w 1939 na Czapajewo).
Upamiętnienie Nazwisko Czapajewa stało się powszechnie znane i popularne w całym Związku Radzieckim po wydaniu w 1923 roku powieści Czapajew Dmitrija Furmanowa, który pełnił funkcję komisarza w jego dywizji, oraz po ukazaniu się filmu o tym samym tytule autorstwa braci Wasiljewów w 1934. W wyniku ogólnokrajowej popularności książki i filmu, imię Czapajewa nadano wielu miejscowościom (w tym miastu Czapajewsk), ulicom, okrętom bojowym, statkom cywilnym, tytułom pieśni patriotycznych a podczas II wojny światowej imię Czapajewa przybrały liczne oddziały partyzanckie.