25 października 2007 roku złożył rezygnację z funkcji dyrektora instytutu i przeszedł na emeryturęControversial Nobel winner resigns CNN.com..
W 2014 roku jako pierwszy w historii laureat nagrody Nobla zdecydował się sprzedać swoje wyróżnienie w domu aukcyjnym Christie’s.
Na początku 2019 roku w telewizji PBS powtórzył tezy z 2007 roku, mówiąc: „Chciałbym, żeby pojawiły się badania potwierdzające, że wykształcenie jest ważniejsze niż natura. Ale takich badań nie ma. Jest różnica pomiędzy średnimi wynikami w testach IQ wykonywanych przez białych i czarnych. Powiedziałbym, że różnica jest genetyczna”. Odciął się tym samym od przeprosin, jakie wystosował po wypowiedzi dla The Sunday Times.
Osiągnięcia naukowe i zawodowe thumb|James D. Watson z żoną oraz prof. Wacław Szybalski podczas uroczystości odsłonięcia tablicy pamiątkowej profesorów lwowskich zamordowanych przez hitlerowców w 1941 w IBB PAN w Warszawie (2008) W marcu 1953, mając 25 lat, wraz z Francisem Crickiem oraz Maurice’em Wilkinsem i Rosalind Franklin z King’s College London, opracował w Laboratorium Cavendisha model budowy przestrzennej podwójnej helisy DNA, za co, wraz z Crickiem i Wilkinsem, otrzymał Nagrodę Nobla w dziedzinie fizjologii lub medycyny za rok 1962.