Przeciwko Włochom wystąpiła jednak znaczna część miejscowej ludności i w 1912 roku rozpoczęły się walki partyzanckie mudżahedinów pod wodzą Umar al-Muchtara. Dowodzeni przez al-Muchtara partyzanci działali głównie w rejonie Gór Zielonych w Cyrenajce. Ukształtowanie terenu, liczne groty i jaskinie oraz taktyka polegająca na wciąganiu włoskich jednostek w zasadzki, atakowaniu włoskich posterunków i przecinaniu linii zaopatrzeniowych oraz komunikacyjnych spowodowały, że walki regularnej armii włoskiej z partyzantami trwały ponad 20 lat.
W celu zdławienia powstania Włosi utworzyli na terenie Libii obozy koncentracyjne, w których przetrzymywano łącznie około 125.000 osób, głównie mężczyzn. Celem tych działań było odebranie al-Muchtarowi wsparcia materialnego i osobowego ze strony miejscowej ludności arabskiej oraz powstrzymanie wzrostu liczebności jego oddziałów.
W 1931 roku, podczas bitwy z oddziałami włoskimi, Umar al-Muchtar został okrążony i pojmany. 15 września sąd wojskowy w Bengazi skazał go na karę śmierci przez powieszenie.