Już na początku XIII wieku imperium Almohadów rozpadło się i Marrakesz znalazł się w ogniu wojen domowych. W 1269 r. opanowały go berberyjskie plemiona Bani Marin. Przejściowo odzyskał swoją rangę jako ośrodek administracyjny XIV-wiecznego państwa Marynidów, szybko jednak stracił swoją pozycję stolicy na rzecz Fezu. Tym niemniej, przez długi czas pełnił funkcję południowej rezydencji sułtanów marokańskich.

Odbudowa i przywracanie świetności nękanego klęskami głodu Marrakeszu rozpoczęły się dopiero na początku XVI wieku po zajęciu miasta przez dynastię Saadytów. Sadyci uczynili z Marrakeszu stolicę wielkiego imperium sięgającego od południowej Portugalii aż po Timbuktu, przejmując tym samym kontrolę nad najważniejszymi trasami karawan w tej części świata.

Po przejęciu władzy przez dynastię Alawitów – panującą do dziś w Maroku – stolicę przeniesiono do Meknesu, jednak Marrakesz pozostał ważnym ośrodkiem administracyjnym południowej części państwa. Od XVII wieku rozpoczął się jednak powolny upadek miasta, stopniowo tracącego na znaczeniu jako ośrodka handlowego. Sytuacja miasta poprawiła się nieco pod koniec XIX wieku na krótko przed zajęciem kraju przez Francuzów. W latach 1907–1908 zasłynęło ono jako ośrodek oporu przeciwko francuskiej dominacji.