Na zjeździe ZMW w 1937 został wybrany prezesem łódzkiego ZMW. W latach 1937–1939 był sekretarzem ZW Stronnictwa Ludowego. W 1939 ukończył studia.
II wojna światowa 23 marca 1939 został zmobilizowany do 31 pułku piechoty Strzelców Kaniowskich w Sieradzu gdzie został dowódcą plutonu w 6 kompanii. Z tym pułkiem odbył kampanię wrześniową. Zimą 1940 wraz z Adamem Banachem i Stefanem Ignarem zapoczątkowali ludową konspirację w woj. łódzkim. Rozkazem nr 5 Komendy Głównej Batalionów Chłopskich z 25 września 1941 został komendantem na woj. łódzkie (Okręg V).
Jesienią 1940 ożenił się z Wandą Maniszewską. Wraz z żoną i córką mieszkał w Piotrkowie.
Aresztowanie i śmierć W marcu 1942 aresztowało go Gestapo. Został osadzony w więzieniu na Radogoszczu, w maju przewieziono go do Mauthausen, gdzie pracował w kamieniołomach. Ostatni list do rodziny wysłał 3 maja 1945 z Dachau. Doczekał wyzwolenia, lecz ciężko chory na gruźlicę zmarł 13 lipca 1945 w szpitalu armii amerykańskiej.
28 października 1964 prochy Wojciecha Janczaka sprowadzono do kraju i pochowano na Cmentarzu Wojskowym na Powązkach w Warszawie, kwatera A29-7-26. W 1948 dekretem Rady Państwa Wojciech Janczak został pośmiertnie mianowany pułkownikiem WP.