Obecnie do Margonina nie można dojechać koleją, gdyż linia Gołańcz – Chodzież została zamknięta. Komunikacją publiczną na terenie miasta zajmuje się pilski PKS, który oferuje kilkanaście autobusów dziennie do większości ościennych miejscowości, a także do Piły oraz prywatna firma Janbus, oferująca regularne przejazdy do Chodzieży.

Historia Margonin powstał z niewielkiej osady, która już we wczesnym średniowieczu istniała nad Jeziorem Margonińskim. Znajdujące się tam dwa grodziska dały początek osiedlu miejskiemu. Pierwsza pisana notka pochodzi z 15 maja 1364 rokuWaldemar L. Janiszewski Dzieje kościoła parafialnego w Margoninie.. Osada prawa miejskie otrzymała przed 1402 rokiem, a w wyniku starań Joanny Gembickiej prawa te odnowiono w 1696 roku. Margonin był wtedy miastem prywatnym. Wiadomo jednak że ok. 1450 roku miasto opasane było fortyfikacjami miejskimi. W czasie wojny trzynastoletniej Margonin wystawił w 1458 roku 6 pieszych na odsiecz oblężonej polskiej załogi zamku w MalborkuKodex dyplomatyczny Wielkiej Polski; Codex diplomaticus Majoris Poloniae zawierający bulle papieżów, nadania książąt, przywileje miast, klasztorów i wsi, wraz z innemi podobnéj treści dyplomatami, tyczącemi się historyi téj prowincyi od roku 1136 do roku 1597;