Prócz ekstensywnej eksploatacji nowych ziem, w grze dostępny jest też handel. Handel pozwala nie tylko na akumulację dochodów z własnych nadwyżek, ale często jest jedyną drogą zdobycia danego dobra - niedostępnego lub zbyt drogiego w produkcji. Handlować można również ze wspomnianymi wcześniej ludami tubylczymi, niezależnymi kupcami oraz z rywalami, o ile podpisało się z nimi umowę handlową. Możliwy, choć ryzykowny, jest także handel z piratami.
Gracz posiada również opcję regulowania wysokości podatków, a także stawiania budynków użyteczności publicznej, jak budynki kultu religijnego, budynki szkolne, rozrywkowe etc. Oba te działania wpływają na zadowolenie mieszkańców, a w konsekwencji - wzrost liczby ludności.
Niekiedy konieczne jest użycie siły militarnej. Gracz może szkolić jednostki piechoty, kawalerii, artylerii, a także budować okręty wojenne. Możliwe jest także fortyfikowanie kolonii. Element wojskowy w Anno jest jednak bardzo niewielki i tak szczegółowy w porównaniu do innych aspektów gry.