W 2002 roku z Foppapedretti Bergamo wywalczyła „Scudetto” oraz drugie miejsce w rozgrywkach Ligi Mistrzyń, po czym zdecydowała się powrócić do Polski, by z BKS-em Bielsko-Biała wywalczyć trzeci w karierze tytuł mistrzyni Polski. Trzy kolejne sezony jednak znów spędziła we włoskiej Serie A, a jej największym sukcesem był srebrny medal wywalczony z Monte Schiavo Jesi w Pucharze CEV w 2004 roku.
Na Półwyspie Apenińskim Śliwa współpracowała między innymi z takimi trenerami jak Massimo Barbolini czy Giuseppe Cuccarini, a jej koleżankami z drużyny było wiele medalistek igrzysk olimpijskich czy mistrzostw świata, m.in. Regla Torres, Taismary Agüero, Mirka Francia, Regla Bell, Prikeba Phipps, Logan Tom, Tara Cross-Battle, Anna Vania Mello, Elisa Togut czy Eleonora Lo Bianco.
W 2006 roku Magdalena zdecydowała się na powrót do Polski – przez dwa sezony występowała w 1. lidze, jako zawodniczka Wisły Kraków. Do najwyższej klasy rozgrywkowej wróciła w 2008 roku jako siatkarka zespołu z Dąbrowy Górniczej. W sezonie 2010/2011 wraz z córką Izabelą reprezentowała barwy Atomu Trefla Sopot, z którym wywalczyły srebrny medal mistrzostw Polski.
W 2015 roku 46-letnia Magdalena Śliwa zakończyła karierę siatkarską i objęła funkcję asystenta trenera MKS-u Dąbrowy Górniczej, Juana Serramalery.