Wtedy też zaczęły powstawać oddziały terenowe: w Poznaniu (1949, pierwszy), Warszawie (1950, drugi) i Wrocławiu (1950, trzeci).

W okresie stalinowskim (od 1952) w ramach głębokich zmian w strukturze polskiej nauki i życia społecznego, stowarzyszenie finansowo i programowo uzależnione zostało od Polskiej Akademii Nauk. W ciągu następnych 20 lat oficjalne jego działania podporządkowane były wytycznym kolejnych plenów PZPR i uchwał PAN. W 1953 siedziba Związku przeniesiona została z Wrocławia do Lublina, a w 1963 – do Warszawy. W 1963 zmieniono uchwałą Walnego Zgromadzenia dotychczasową nazwę – Polski Związek Entomologiczny na Polskie Towarzystwo Entomologiczne.

W 1969 rozpoczęto wydawanie „Biuletynu Informacyjnego”, który w 1980 przekształcił się w „Wiadomości Entomologiczne”. W latach 70. XX wieku uzależnienie PTEnt od wpływów partyjnych i rządowych zaczęło maleć. W 1989 na ogólnokrajowym zjeździe PTEnt wybrano nowe władze i zmieniono redakcje czasopism. Siedzibę Towarzystwa przeniesiono ponownie do Wrocławia. W 1998, w 75-lecie powołania do życia PZE, odbył się w Poznaniu Jubileuszowy Zjazd Towarzystwa. Na siedzibę PTE wybrano wówczas Poznań, oraz dokonano licznych zmian w statucie Towarzystwa.