Słowem i pismem zwalczał arian. Wielokrotnie polemizował z F. Socynem i W. Smalciusem.
Twórczość Autor monumentalnego dzieła (1632 strony) pt. Logica – wydawanego w Niemczech (Ingolstadt 1618) i 3-krotnie w Anglii (Oksford 1634, 1638, 1658). Korzystał z niego m.in. John Locke podczas swych studiów w Oksfordzie. Jest jednym z najwybitniejszych logików i pisarzy filozoficznych dawnej Polski. Obszerny traktat Logica wyrósł z wykładów prowadzonych w Akademii Wileńskiej w roku 1586/1587Zob. rkps 147 w Archiwum Archidiecezjalnym w Poznaniu pt. Commentaria in Organum Aristotelis; wydał go drukiem Ludwik Nowak, t. 1-2, Warszawa 1987.. Obok logiki Śmiglecki uwzględnia także wiele problemów metafizycznych. Logica przez długi czas była jednym z najlepszych i najbardziej rozpowszechnionych podręczników na Zachodzie, zwłaszcza w Anglii, gdzie korzystano z niego jeszcze w połowie XIX wieku. W filozofii Śmiglecki, opierając się na poglądach Arystotelesa, uwzględnia różnych jego komentatorów, zwłaszcza Tomasza z Akwinu i Franciszka Suáreza. W wielu kwestiach przedstawia własne poglądy. Nowsze badania wykazują, że „Śmiglecki jest w Polsce inicjatorem nurtu metafizyki neoscholastycznej, którego kontynuacją jest w jakimś sensie metafizyka Leibniza i Wolffa”J. Czerkawski, Humanizm i scholastyka, Lublin 1992, s.