z benedyktynami.
W pierwszej połowie XIV w. w źródłach pojawia się kaplica św. Marii Egipcjanki. Ta gotycka kaplica charakteryzowała się wyraźnie mniejszą skalą niż romański kościół św. Gereona. Prawdopodobnie w XIII w. romańska bazylika św. Gereona została obcięta o część nawową i ramiona transeptu, a z pozostałej części (skrzyżowania naw i transeptu oraz prezbiterium) utworzono kaplicę, której nadano cechy stylu gotyckiego (prawdopodobnie około 1350 roku za czasów Kazimierza Wielkiego). Sklepienie nawy kaplicy wznosiło się być może na jednym filarze, pod sklepieniem znajdowała się galeria, do której był bezpośredni wstęp z komnat mieszkalnych. Istnieje także hipoteza, że kaplica miała charakter dwukondygnacyjnego oratorium królewskiego, co jednak zostało poddane krytyce. W kościele św. Marii Egipcjanki znajdowała się ogrzewana piecem empora (być może dla królowej), co wyklucza dwukondygnacyjność kościoła. Niezależnie od dyskusji nad formą kaplicy, nie ulega wątpliwości, że kaplica powstała w połowie XIV wieku, na co wskazują formy profili kamieniarki pokrewne m.in. profilom wschodniego skrzydła klasztoru Augustianów w królewskim mieście Kazimierzu, wzniesionego w latach 40. i 50.