14 sierpnia 2006 roku rozpoczęto produkcję zmodernizowanej wersji modelu. Auto otrzymało nowy kształt przednich i tylnych reflektorów oraz nową atrapę chłodnicy, a lusterka zewnętrzne wyposażone zostały w kierunkowskazy. Pojawiły się także nowe odcienie lakieru. Przy okazji liftingu wprowadzono we wnętrzu delikatne zmiany kosmetyczne oraz białe podświetlenie zegarów i nową wersję wyposażeniową Laurin & Klement.
Wersje wyposażeniowe Ambiente Classic Comfort Prestige Prestige Plus Elegance Laurin & Klement (wersje FL) Edition 100
W zależności od wersji wyposażeniowej auto wyposażone mogło być standardowo lub za dopłatą w m.in. elektryczne sterowanie szyb, elektryczne sterowanie lusterek oraz podgrzewanie, system ABS z EBD, ASR, EBA i ESP, 4 poduszki powietrzne, skórzaną tapicerkę, 16-calowe alufelgi, system nawigacji satelitarnej oraz klimatyzację automatyczną, a także reflektory biksenonowe i spryskiwacze reflektorówSkoda Superb na stronie katalog.autokult.pl, cztery podgrzewane siedzenia, zestaw DVD, elektrycznie sterowane fotele przednie, fotochromatyczne lusterko wsteczne, czujniki parkowania, radioodtwarzacz CD ze zmieniarką na 6 płyt, tempomat i szyberdach.