W czasie kampanii wrześniowej walczył w składzie 132 eskadry na samolocie PZL P.11c pod dowództwem kpt. Franciszka Jastrzębskiego. 3 września wspólnie z ppor. Pawłem Łuczyńskim i kpr. Wawrzyńcem Jasińskim zaatakował zgrupowanie niemieckich bombowców i ciężko uszkodził dwa samoloty. Następnego dnia zlokalizowano zniszczony Do 17 z III/KG 3 i zaliczono jako zestrzelenie wspólne. Drugi samolot zaliczono Malińskiemu indywidualnie.
7 września zniszczył He 111 (zestrzelenie nie figuruje na oficjalnych listach, gdyż lotnik nie mógł złożyć bezpośrednio potem raportu, a późniejszy odrzucono), uszkodził jeden Bf 110, ale został trafiony przez inny. Wyskoczył na spadochronie nad wsią Mikulice gmina Dobra. Mieszkańcy udzielili rannemu pilotowi pomocy, przewożąc go do wycofujących się jednostek polskich. Trafił do szpitala, skąd po wielu perypetiach wrócił do Ostrzeszowa, skąd trafił do obozu jenieckiego Stalag XXI A.