W roku akademickim 1938/1939 przydzielono jej Katedrę Historii i Teorii Literatury, której pełnienie przerwał wybuch II wojny światowej.
We wrześniu 1939 przebywała w Dąbrówce Polskiej, skąd - uciekając przed frontem - wyjechała do Lwowa. Po zajęciu miasta przez Związek Radziecki została zatrudniona na tamtejszym uniwersytecie, przemianowanym na ukraiński Uniwersytet im. Iwana Franki, w niższym od uzyskanego przed wojną stopniu docenta filologii polskiej. Była współpracowniczką prof. Juliusza Kleinera w Katedrze Literatury Polskiej. W nocy 13/14 kwietnia 1940, jako żona polskiego oficera przebywającego wówczas w oflagu, została aresztowana i wraz z trojgiem małych dzieci (dwiema córkami i chrześniakiem) i teściową wywieziona do miejscowości Michajłówka (Krasnyj Skotowod) w pobliżu Ałmaty w Kazachstanie. Sylwetkę Skwarczyńskiej na zesłaniu opisała Ola Watowa we wspomnieniach Wszystko, co najważniejsze. Jako jedna z nielicznych, w listopadzie 1940, po ośmiu miesiącach powróciła z zesłania do Lwowa dzięki interwencji prof. Juliusza Kleinera, Wandy Wasilewskiej i prof. Rudolfa Weigla, w którego Instytucie Badań nad Tyfusem Plamistym znalazła zatrudnienie i ochronę jako kierownik hodowli wszy zdrowych (karmiciel wszy). Wówczas pracowała ponownie jako docent na Uniwersytecie im. Iwana Franki we Lwowie. Później uratowała prof.