Trzecie małżeństwo Przebywając w 1793 roku w Petersburgu, Szczęsny spotkał małżonkę, Józefinę Amalię, z którą nie żył od pewnego czasu. Porozumiał się z nią w sprawach majątkowych i w zamian za przekazanie jej w zarząd wszystkich majątków, otrzymywał rentę w wysokości 900 tysięcy złotych polskich.
W latach 1793–1795 Szczęsny przebywał w Hamburgu z Zofią Wittową. W 1795 we Lwowie małżeństwo Józefa i Zofii Wittów zostało rozwiązane, a w 1796 za sumę kilkuset tysięcy złotych Witt uznał rozwód.
Na początku 1798 r. w Kamieńcu Podolskim sąd konsystorski ogłosił rozwód Stanisława z Józefiną, która zmarła w październiku. 28 kwietnia Zofia Wittowa poślubiła Stanisława Szczęsnego Potockiego, w tym samym roku urodził się ich najstarszy syn Aleksander. W 1799 Potoccy udali się w podróż poślubną, m.in. do Włoch, gdzie, jak podawała później Zofia, w wyniku gwałtu poczęty został Mieczysław. Pod koniec życia Szczęsnego małżeństwo przeżywało trudności z powodu romansu Zofii z pasierbem – Szczęsnym Jerzym, domniemanym ojcem Bolesława.