Rdest ziemnowodny może zakwitnąć w czwartym roku po wysianiu nasion i kwitnie od czerwca do sierpnia wynosząc kwiatostany nad powierzchnię wody. Forma lądowa kwitnie nieco później, zwykle od lipca do września. Na terenach o niekorzystnych warunkach ekologicznych, np. w górach lub na polach uprawnych, rośliny zakwitają rzadko. Kwiaty rdestu ziemnowodnego są owadopylne – zapylenia dokonują wabione nektarem, zapachem i barwnym okwiatem błonkoskrzydłe, muchówki i motyle. Według części autorów kwiaty są niezdolne do samozapylenia, według innych dochodzi do niego rzadko. Kwiaty otwierają się w ciągu dnia i zamykają o zachodzie słońca. Rozwijają się kolejno od dolnej części kwiatostanu ku górze, tak że cały kwiatostan kontynuuje kwitnienie przez okres do 8, rzadko nawet do 10 tygodni. Kwiaty niezapylone odpadają po 1-2 tygodniach. Nasiona dojrzewają w ciągu 3 tygodni od zapłodnienia. Rośliny tego gatunku owocują jednak słabo. Obserwowano kolonie nie zawiązujące nasion przez wiele lat, rozrastające się wyłącznie wegetatywnie poprzez kłącza. W takich przypadkach lokalne populacje stanowić mogą w istocie rozległy klon.