Jeszcze za Konsulatu, po stworzeniu senatu, Napoleon mianował go członkiem tej instytucji. W następnych latach Józef został kanclerzem Senatu, komandorem z gwiazdą i członkiem kapituły Orderu Legii Honorowej. W tych latach Józef, próbując swych sił na niwie literatury pięknej, wydał powieść Motna (1799), która wzbudziła duże uznanie krytyków. Natychmiast przyznano mu fotel w Akademii Francuskiej, który utracił po roku 1814. Oprócz tego został mianowany pułkownikiem armii francuskiej, co dawało niezły dochód i było czystą synekurą, gdyż Józef stał jak najdalej od wszystkich spraw wojskowych. Wszystko to nie zadowalało Józefa, który zgodnie z patriarchalnymi tradycjami korsykańskimi uważał się jako najstarszy syn za głowę rodu Bonapartów i w tej roli wystąpił w czasie konfliktu o drugie małżeństwo brata Lucjana, na co Napoleon mu odpalił: -ród Bonapartów zaczyna się od 18 brumaire’a, ty jesteś tylko panem na małej winnicy koło Ajaccio!
Prowadził negocjacje dotyczące zawarcia pokoju w Lunéville (1801) i pokoju w Amiens (1802)Robert Bielecki Encyklopedia wojen napoleońskich, wyd. TRIO 2001, s. 85.