Po oficjalnym obłożeniu go przez ajatollaha Chomejniego fatwą, nakazującą każdemu wiernemu muzułmaninowi zabicie pisarza, musiał żyć w ukryciu pod stałą ochroną policji. Okres ten w swoim życiu opisał w książce pt. Joseph Anton Autobiografia. W latach 2004–2006 pełnił funkcję prezesa amerykańskiego PEN Center.
Prozaik został odznaczony francuskim Orderem Sztuki i Literatury w styczniu 1999 roku„Rushdie to Receive Top Literary Award”, Chicago Tribune, 7 stycznia 1999. Retrieved 26 March 2012.. W czerwcu 2007 brytyjska królowa Elżbieta II nadała Rushdiemu szlachectwo za zasługi na rzecz literatury, wywołując oburzenie w świecie islamu The London Gazette, Issue 58358, Supplement No. 1, 16 June 2007. Retrieved 26 March 2012.. Dziennik The Times w 2008 roku ogłosił go trzynastym z pięćdziesięciu najwybitniejszych pisarzy brytyjskich doby powojennej„The 50 Greatest British Writers Since 1945”. The Times, 5 January 2008. Retrieved 1 January 2010. Subscription required..
Od 2000 roku mieszka w Stanach Zjednoczonych, gdzie wykłada na metodystycznym Uniwersytecie Emory. Został także członkiem Amerykańskiej Akademii Sztuki i Literatury. Salman Rushdie ma dwóch synów – Zafara i Milana, był czterokrotnie żonaty. Ostatnią jego żoną była indyjska modelka i aktorka .