Przebieg wizyty Czwartek, 25 maja 2006 thumb|350px|Jarosław Kaczyński i papież Benedykt XVI, z tyłu Lech Kaczyński Wizyta rozpoczęła się od przylotu na stołeczne Lotnisko Chopina, gdzie papież wygłosił przemówienie powitalne. Trasa przejazdu papamobile z lotniska do archikatedry wiodła obok pomników: Bohaterów Getta, Poległym i Pomordowanym na Wschodzie oraz Powstania Warszawskiego. Orszak papieski zatrzymał się na chwilę przed katedrą Polową Wojska Polskiego, gdzie biskup polowy gen. dyw. Tadeusz Płoski wręczył Benedyktowi XVI kwiaty, a na całej trasie przejazdu papieża pozdrawiali licznie zgromadzeni wierni.
Następnie papież udał się do warszawskiej archikatedrze na spotkanie z duchowieństwem, podczas którego w wygłoszonym tam przemówieniu poruszył najważniejsze problemy Kościoła w Polsce. Po spotkaniu Benedykt XVI modlił się przy grobach prymasów Stefana Wyszyńskiego i Augusta Hlonda, po czym udał się na obiad do siedziby prymasa Polski, a następnie na krótki odpoczynek do nuncjatury apostolskiej.