Powstanie na Korsyce W czasie powstania o niepodległość Korsyki kierowanego przez Pasquale Paoli (1768) małżonkowie Buonaparte stali po stronie powstańców, ale nie udali się wraz z nim na wygnanie do Anglii w roku 1769, lecz pozostali na Korsyce i przyłączyli się do partii profrancuskiej. Carlo Maria zdobył przychylność francuskiego gubernatora Marboeufa i został mianowany radcą królewskim, asesorem w sądzie w Ajaccio i otrzymał potwierdzenie szlachectwa, co mu umożliwiło umieszczenie części dzieci w ekskluzywnych zakładach wychowawczych we Francji, finansowanych ze szkatuły królewskiej.
We Francji był tylko trzy razy w życiu: w 1778, odwożąc synów Napoleona i Józefa do instytutu w Autun, w 1783, jadąc z dziećmi Lucjanem i Elizą do szkół w Saint-Cyr oraz w listopadzie 1784 na procesie w Montpellier. W tym mieście zmarł w lutym 1785 na raka żołądka.
Pochowany został w Montpellier, syn Lucjan przeniósł zwłoki około 1800 do Saint-Leu. W roku 1851 przeniesione zostały do Ajaccio, zaś po wybudowaniu przez Napoleona III Kaplicy Cesarskiej przy katedrze w Ajaccio (1861) złożone tam obok małżonki.