Dwa lata później Browder został usunięty z CPUSA (po wcześniejszym poddaniu go krytyce przez sowieckich polityków).
Po II wojnie światowej Wiliam Foster prowadził partię w wierności doktrynie stalinizmu. Dowody na działalność szpiegowską członków CPUSA na rzecz ZSRR skłoniły prezydenta Harry’ego Trumana do działań przeciwko komunistom. W 1948 przywódcy partii zostali uwięzieni. W trakcie wojny koreańskiej rząd wprowadził szereg antykomunistycznych ustaw. CPUSA pozostała legalna jednak uległa marginalizacji i izolacji. W połowie lat 50. liczba jej członków spadła poniżej 12 tysięcy.
Po powstaniu na Węgrzech (1956) i operacji „Dunaj” (1968) szeregi partii opuściła część członków. Zaprotestowali oni w ten sposób przeciwko ściśle prosowieckiej polityce kierownictwa CPUSA. Na morale członków partii negatywnie wpłynęły także referat O kulcie jednostki i jego następstwach Nikity Chruszczowa i ujawnienie zbrodni stalinizmu.