Naukę muzyki Noskowski rozpoczął w gimnazjum realnym w Warszawie w 1851 Obejmowała ona prócz gry na fortepianie także grę na skrzypcach pod kierunkiem znanego pedagoga Jana Hornziela. Jego talent muzyczny odkrył Ignacy Feliks Dobrzyński, którego postać – wobec nieświadomości dokonań Chopina – pozostała dla Noskowskiego wzorem polskiego kompozytora. Pierwszym jego mistrzem stał się Stanisław Moniuszko, którego pieśni i niektóre opery poznał ok. 1860. Młody Noskowski był świadkiem pogromu manifestacji patriotycznej przez wojska rosyjskie w Warszawie 27 lutego 1861. Latem tego roku udał się na wycieczkę do Krakowa i w Tatry. Wszystkie te wydarzenia silnie odcisnęły na osobowości Noskowskiego i znalazły swe odbicie w jego późniejszej działalności twórczej, organizatorskiej i publicystycznej.

Po śmierci ojca 23 czerwca 1863 wziął przypuszczalnie udział w powstaniu styczniowym.

W latach 1864–1867 studiował w Instytucie Muzycznym w Warszawie grę na skrzypcach u Apolinarego Kątskiego oraz kontrapunkt u Stanisława Moniuszki;