Manchester United Stam spędził w Manchesterze 3 lata, podczas którego United wygrali: trzykrotnie Premier League, jeden raz FA Cup, Puchar Interkontynentalny oraz Ligę Mistrzów. W 2001 Jaap ponownie zmienił klub. Tym razem było to S.S. Lazio.
Lazio Jaap Stam w S.S. Lazio grał przez 3 sezony, podczas których zaliczył 70 gier i strzelił 3 bramki. W sezonie 2003/2004 Lazio ze Stamem w składzie zdobyło Puchar Włoch.
A.C. Milan Do Milanu przeszedł po Euro 2004. Nie zawsze miał miejsce w pierwszej jedenastce, lecz w ciągu dwóch lat zaliczył aż 42 występy. Po zakończeniu sezonu 2005/2006 postanowił wrócić do Holandii. Dostał propozycję podpisania kontraktu od PSV Eindhoven, SC Heerenveen i Ajaksu Amsterdam. Wybrał ofertę klubu z Amsterdamu.
AFC Ajax Po przejściu do Ajaksu od razu został kapitanem drużyny. Występował jednak jeszcze tylko przez jeden sezon, po czym postanowił zakończyć karierę. Decyzję o zakończeniu piłkarskiej kariery ogłosił 29 października 2007 roku na specjalnie zwołanej konferencji. Oficjalną przyczyną zakończenia kariery przez Stama były kontuzje trapiące zawodnika od kilku sezonów.