Jednym z jego nauczycieli był dr Ernst Rüdin. Wespół z kilku innymi lekarzami głosił on pogląd, że lekarze powinni niszczyć „życie pozbawione wartości”. Był jednym z autorów nazistowskich ustaw dotyczących przymusowej sterylizacji, które weszły w życie w lipcu 1933. Josef Mengele otrzymał pomoc w karierze od prof. Theodora Mollisona z Uniwersytetu Monachijskiego. Twierdził on, że wiedza z zakresu dziedziczności pozwala na podstawie fotografii określić, czy dana osoba miała żydowskich przodków.
Lekarz W 1935 Josef Mengele otrzymał tytuł doktora (Dr. Phil.) za pracę pod tytułem „Badania rasowo-morfologiczne żuchwy u czterech grup rasowych”, której promotorem był Theodor Mollison, dyrektor Instytutu Antropologii. Była to napisana suchym stylem i drobiazgowo zilustrowana dysertacja, w której Mengele wykazywał możliwość identyfikacji przynależności rasowej ludzi na podstawie badań żuchwy. Nie zawierała treści antysemickich ani rasistowskich. W 1936 Mengele zdał państwowy egzamin lekarski w Monachium i podjął pierwszą pracę – w klinice dziecięcej Uniwersytetu w Lipsku. Pełnił tam funkcję młodszego rezydenta. W Lipsku poznał Irene Schönbein, swoją pierwszą żonę.