10 lipca 1809 Champollion został profesorem historii starożytnej na uniwersytecie w Grenoble, gdzie zatrudniono również jego brata, Jacques’a-Josepha. Jean François nie był jednak zadowolony z tej pracy, z uwagi na niską pensję i kłopotliwe uczenie kolegów z liceum. W 1813 oświadczył się Rosine Blanc, córce zamożnego rękawicznika, jednak rodzina nie wyraziła zgody na to małżeństwo. Po upadku Napoleona w 1814 należał do krytyków monarchii burbońskiej, a kiedy cesarz powrócił z Elby i w marcu 1815 wkroczył do Grenoble, wśród witających go byli bracia Champollion. Napoleon rozmawiał wtedy z młodym profesorem historii o jego pracach nad słownikiem języka koptyjskiego. Z powodu głośnego wyrażania swoich poglądów (sympatie pronapoleońskie), po klęsce Napoleona obaj bracia zostali w 1816 zwolnieni ze stanowisk w Grenoble i powrócili do Figeac. Rok później Jean François znów mieszkał w Grenoble, gdzie w 1818 ożenił się wreszcie z Rosine Blanc.