Na dowódcę pododcinka (brygady) został wyznaczony legionista, pułkownik Jan Stefan Kotowicz, dotychczasowy dowódca Podkarpackiej Brygady Obrony Narodowej.
Na podstawie rozkazu L.8940 Ministra Spraw Wojskowych z dnia 25 sierpnia 1939 Pododcinek Nr 2 „Nowy Sącz” został wcielony do Korpusu Ochrony Pogranicza.
17 lipca 1939, po wejściu w życie planu „W2”, zlecono przygotowanie mobilizacji Kwatery Głównej Brygady Górskiej Strzelców Nr 3. Jednostką mobilizującą został 2 Pułk Strzelców Podhalańskich z Sanoka. Kwatera główna brygady górskiej strzelców była mobilizowana, w grupie jednostek oznaczonych kolorem brązowym (podgrupa 6), według organizacji wojennej L.3674/mob.org. Stan pokojowy dowództwa pododcinka był zawiązkiem kwatery głównej brygady.
3 Brygada Górska wchodziła w skład Grupy Operacyjnej „Jasło” (Armia „Karpaty”). Zajmowała pozycje od Gorlic i dalej na wschód, obsadzając trzy odcinki obronne: Iwonicz, Płonna i Baligród. Ugrupowana była na odcinkach obronnych: Odcinek „Iwonicz” - 2 pułk KOP „Karpaty” z batalionami KOP „Dukla” i „Komańcza”, bataliony ON „Jasło”, „Rzeszów”, „Krosno” i „Brzozów” oraz Komisariaty Straży Granicznej „Krempna” i „Jaśliska”, pod dowództwem ppłk. Jana Zachodnego. Odcinek „Płonna” - bataliony ON „Jarosław”, „Przemyśl” oraz Komisariat Straży Granicznej „Komańcza”, pod dowództwem kpt.