Możliwe działania niepożądane obejmują: hepatotoksyczność – objawem jest żółtaczka i wzrost stężenia enzymów wątrobowych. Przyczyną jest stłuszczenie wątroby. Po zakończeniu leczenia objawy często cofają się. Objawy występują częściej przy stosowaniu starszych generacji tetracyklin, a także u osób, u których uszkodzona jest funkcja nerek oraz u kobiet ciężarnych. nefrotoksyczność – mogą powodować uszkodzenia nerek (w mniejszym stopniu niż aminoglikozydy). Dotyczy to też trzustki, mogą wywołać ostry stan zapalny. zaburzenia żołądkowo–jelitowe – w przewodzie pokarmowym powodują obniżenie flory saprofitycznej doprowadzając do awitaminozy B12, nadważenie bakteriami patogennymi (mogą wywołać dury oraz zakażenia grzybicze). Mogą powodować stany zapalne błon śluzowych przewodu pokarmowego, co objawia się pieczeniem przy spożywaniu pokarmów kwaśnych. Nie należy stosować tetracyklin z produktami nabiałowymi, gdyż leki te chętnie łączą się z jonami wapnia, glinu, żelaza (chelatowanie) i tracą swoją aktywność biologiczną. Kompleksy te są również niewchłanialne z przewodu pokarmowego. działanie na szpik – mogą wpływać na szpik kostny powodując niedokrwistość aplastyczną i eozynofilię.