W 1581 pobrano podatki od 9 i 3/4 łanów, 3 zagrodników oraz 2 komorników.
W 1581 wieś Kobilniki położona była w powiecie kościańskim województwa poznańskiego w Rzeczypospolitej Obojga NarodówAdolf Pawiński, Polska XVI wieku pod względem geograficzno-statystycznym, Wielkopolska t. I, Warszawa 1883, s. 68..
W wyniku II rozbioru Rzeczypospolitej w 1793, miejscowość przeszła w posiadanie Prus i jak cała Wielkopolska znalazła się w zaborze pruskim. W okresie Wielkiego Księstwa Poznańskiego (1815-1848) Kobylniki należały do wsi większych w ówczesnym powiecie bukowskim, który dzielił się na cztery okręgi (bukowski, grodziski, lutomyślski oraz lwowkowski). Kobylniki należały do okręgu grodziskiego i stanowiły część majątku Grodzisk (Grätz), którego właścicielem był wówczas Szolc i Łubieński. Według spisu urzędowego z 1837 roku wieś liczyła 276 mieszkańców i 44 dymów (domostw).
W latach 1954–1959 wieś należała i była siedzibą władz gromady Kobylniki, po jej zniesieniu w gromadzie Grodzisk Wielkopolski. W latach 1975–1998 miejscowość należała administracyjnie do województwa poznańskiego.
Wieś podzielona jest na trzy części zw.