We wrześniu tego roku powrócił do Warszawy, gdzie został dowódcą plutonu w Batalionie Warszawskim POW. Później w Komendzie Naczelnej POW, następnie awansował na szefa żandarmerii Organizacji. W tym czasie pisał dla gazet „Rząd i Wojsko”, „Co Tydzień”, „Gazeta Nowa” i „Gazeta Polska”. Wkrótce został szefem Oddziału Informacyjno-Prasowego Komendy Naczelnej POW. W tym czasie rozpoczęła się jego bliska współpraca z Walerym Sławkiem. Od stycznia 1917 Jędrzejewicz pełnił funkcję szefa kancelarii Komisji Wojskowej Tymczasowej Rady Stanu. Następnie ukończył Szkołę Oficerską POW i w maju 1917 został mianowany na pierwszy stopień oficerski. Był osobistym sekretarzem Piłsudskiego, tym samym wszedł w skład wąskiego grona jego bliskich współpracowników.
Po uwięzieniu większości kierownictwa POW w lecie 1917, przejął obowiązki wielu zaaresztowanych i stał się jednym z liderów działaczy niepodległościowych pozostających na wolności. Był redaktorem czasopisma piłsudczykowskiego Rząd i Wojsko, był także członkiem tzw. Konwentu Organizacji A (zakonspirowanego kierownictwa obozu zwolenników Józefa Piłsudskiego).