Musi ona odpowiadać ustalonym prawnie standardom i nie może być zabrudzona lub zniszczonaRepublic of Lithuania Law on the National Flag and Other Flags, No. I-1497.
Podczas uroczystości żałobnych flaga może być opuszczona do jednej trzeciej masztu (w przypadku flagi umocowanej na stałe przypina się do niej wstęgę z czarnej krepy), a na pogrzebie ważnych osobistości flaga pokrywa trumnę (przed pochówkiem po złożeniu jest przekazywana rodzinie).
W przypadku eksponowania z innymi flagami obowiązuje następujący porządek: flaga narodowa, flaga historyczna (państwowa), flagi państw obcych, flaga Unii Europejskiej, zagraniczne organizacje pozarządowe, sztandar prezydencki, sztandary wojskowe i rządowe, flagi okręgów Litwy, flagi miast i inne. W przypadku ekspozycji wokół flagi Litwy, pozostałe flagi są uporządkowane w porządku alfabetycznym według nazw państw w języku litewskim. Flaga Unii Europejskiej jest wywieszana od czasu członkostwa Litwy w UE. Także flaga NATO może być na Litwie używana, gdyż należy ona do tej organizacji. Powszechne jest również wywieszanie flagi Estonii i Łotwy podczas wybranych uroczystości (np.