W 1409 Władysław Jagiełło nadaał wspomniane posiadłości wraz z Błotnicą opactwu w Wieleniu i obdarzył je tymi samymi wolnościami, jakie mają inne dobra klasztorne. W 1410 darowiznę Władysława Jagiełły dla klasztoru cystersów w Wieleniu zatwierdził papież.
Wieś odnotowały historyczne rejestry podatkowe. W 1530 miał miejsce pobór podatków z 4 łanów. W 1563 pobrano podatki z 8,5 łana oraz z karczmy dziedzicznej. W 1571 Błotnica odnotowana jako własność klasztoru w Przemęcie zapłaciła pobór z 7 i 1/4 łana, 1 i 1/4 łana sołeckiego, karczmy oraz od 2 rybaków. W 1580 pobrano podatki z 3 łanów, 2 łanów sołeckich oraz od 2 komorników.
Pod koniec XVI wieku miejscowość leżała w powiecie kościańskim województwa poznańskiego w Rzeczypospolitej Obojga NarodówAtlas historyczny Polski. Wielkopolska w drugiej połowie XVI wieku. Część II. Komentarz. Indeksy, Warszawa 2017, s. 247..
W wyniku II rozbioru Rzeczypospolitej w 1793, miejscowość przeszła w posiadanie Prus i jak cała Wielkopolska znalazła się w zaborze pruskim. W okresie Wielkiego Księstwa Poznańskiego (1815–1848) miejscowość wzmiankowana jako Błotnica należała do wsi większych w ówczesnym powiecie babimojskim rejencji poznańskiej.