6 grudnia 2006 papież Benedykt XVI przeniósł go na urząd arcybiskupa metropolity warszawskiego. 19 grudnia 2006 redakcja „Gazety Polskiej” opublikowała artykuł o mającej trwać 20 lat jego współpracy ze Służbą Bezpieczeństwa PRL. W odpowiedzi duchowny zaprzeczył współpracy, nazywając publikację mistyfikacją mającą na celu skompromitowanie go. Solidarność z nim wyrazili między innymi: Prezydium Konferencji Episkopatu Polski, prymas Józef Glemp, kardynał Stanisław Dziwisz, Senat Katolickiego Uniwersytetu Lubelskiego, duchowieństwo archidiecezji warszawskiej i diecezji płockiej. Na początku stycznia komisja powołana przez Rzecznika Praw Obywatelskich oraz Kościelna Komisja Historyczna na podstawie kwerendy materiałów IPN ustaliły, że duchowny był świadomym i tajnym współpracownikiem organów bezpieczeństwa PRL. On sam 5 stycznia 2007 przeciwstawił się tym ustaleniom. Tego samego dnia kanonicznie objął archidiecezję warszawską i wydał odezwę do wiernych archidiecezji, w której wyraził żal z powodu współpracy ze służbami bezpieczeństwa PRL i zaprzeczania faktom współpracy, prosił o przyjęcie go jako ich arcybiskupa, jednocześnie oddając się do dyspozycji papieża. Odezwa była odczytywana w kościołach archidiecezji warszawskiej podczas mszy świętych 6 stycznia 2007.