Akt III Podczas gdy na statku Dalanda marynarze śpiewają wesoło (chór marynarzy: Steuermann! Laß die Wacht! Steuermann! her zu uns! Ho! He! Je! Ha! pol. Sterniku, porzuć wachtę! Sterniku, chodź do nas!...), statek widmo jest ponury i cichy. Nagle zrywa się wiatr i ciemne chmury gromadzą się wokół niego, woda zaczyna się burzyć. Marynarze Holendra tułacza wzywają swego dowódcę ponurymi słowami pieśni. Tymczasem Eryk próbuje odwieść Sentę od powziętej decyzji poślubienia żeglarza. Jego słowa wspominające dawne dni przypadkiem słyszy Holender. Źle je sobie tłumacząc, uznaje, że Senta to kolejna kobieta, która go zdradziła. Wchodzi na pokład swego statku i odbija od brzegu. Dziewczyna, zrozpaczona jego odejściem, rzuca się ze skały w morze. W tej samej chwili piorun uderza w odpływający statek widmo, a przeklęty żeglarz w śmierci znajduje ukojenie i koniec cierpień.
Zakończenie opery to apoteoza niezwykłej pary: Senty i Holendra, którzy wyłaniają się z morskich fal złączeni uściskiem i wznoszą się ku niebu.