II wojna światowa 1939–1945 mały|Cmentarz żydowski W wyniku paktu Ribbentrop-Mołotow we wrześniu 1939 roku miasto zajęła Armia Czerwona. W 1940 roku dużą część ludności polskiej deportowano w głąb ZSRR. Wojska niemieckie zajęły miasto 25 czerwca 1941 roku. W lipcu oddział Einsatzgruppen zamordował 1200 Żydów ze Słonima w okolicach wsi Pietrolewicze, a w listopadzie niemieccy żołnierze z 6. kompanii II batalionu Infanterie-Regiment 727 uczestniczyli w zamordowaniu 8–9 tys. Żydów koło wsi Czepielów. Ostatnich więźniów getta Niemcy rozstrzelali w grudniu 1942 r.AŻIH, Zbiór relacji Żydów Ocalałych z Zagłady, sygn. 301/1483, Relacja Doktorczyka Abrahama Gedalego, k. 2. Represje objęły także polskich mieszkańców miasta, np. na Górze Pietralewickiej rozstrzelano m.in. siostry zakonne: Ewę Noiszewską i Martę Wołowską, które w 1999 roku zaliczone w poczet błogosławionych Kościoła katolickiego. W marcu 1942 roku Niemcy rozstrzelali proboszcza kościoła św. Andrzeja księdza Kazimierza Grochowskiego, po którym funkcję proboszcza pełnił czasowo kapelan niepokalanek jezuita Adam Stark, rozstrzelany przez Niemców w grudniu 1942 za pomaganie ludności żydowskiej podczas Holokaustu. W dniu 19 listopada 1942 r. Niemcy zamordowali 84 Polaków, zaś 4 lipca 1944 r.