Jesienią 1942 roku obsługiwał koparkę, przy pomocy której otwarto masowe groby w obozie III, a następnie wydobyto i spalono dziesiątki tysięcy spoczywających w nich zwłok. Rzadko można było go spotkać poza obszarem zagłady. Mosze Bahir, jeden z ocalonych z Sobiboru, wspominał, że czasami Bauera można było zobaczyć na dachu budynku z komorami gazowymi, gdy przez specjalne okienko obserwował przebieg gazowania. Służył w Sobiborze do ostatnich dni jego istnienia. W tym okresie w obozie zgładzono około 170–180 tys. Żydów.
Jak sam przyznał, w czasie służby był niemal stale pod wpływem alkoholu. Z tego powodu komendant Franz Reichleitner groził mu nawet odesłaniem z obozu. 14 października 1943 roku, gdy wybuchło powstanie więźniów Sobiboru, przebywał początkowo poza obozem, gdyż wyjechał na misję zaopatrzeniową. Po powrocie towarzyszący mu wachman odkrył w budynku administracyjnym zwłoki zabitego esesmana. Wydarzenie to było jednym z czynników, które nie pozwoliły powstańcom w pełni zrealizować ich planów. Bauer przetrwał bunt bez szwanku i w kolejnych tygodniach uczestniczył w pracach związanych z likwidacją obozu.