W marcu 2004 Harper został formalnie wybrany na przywódcę tej nowej partii.
Pod jego przewodnictwem w wyborach roku 2004 partia konserwatywna zdobyła 29,6% głosów i 99 z 308 mandatów poselskich, stając się największą partią opozycyjnąOficjalne dane ze stron agencji Elections Canada (dane z 2004).. W kolejnych wyborach 23 stycznia 2006 jego partia wygrała zdobywając 36,3% głosów i 124 mandaty, stając się największą partią w Izbie GminOficjalne dane ze stron agencji Elections Canada (dane z 2006)., co pozwoliło jej utworzyć rząd mniejszościowy. Harper oficjalnie został premierem Kanady 6 lutego 2006.
W następnych wyborach w październiku 2008 partia Harpera zdobyła 37,7% głosów i 143 mandaty i ponownie stała się największą partią w Izbie GminOficjalne dane ze stron agencji Elections Canada (dane z 2008)., choć znowu nie uzyskała większości mandatów. W tej sytuacji Harper ponownie utworzył rząd mniejszościowy.
W kwietniu 2008 Harper złożył wizytę w Polsce, odwiedzając Gdańsk, Kraków i OświęcimWiadomość CBC news z 5 kwietnia 2008 ..