Od 1955 działał w Towarzystwie Naukowym w Toruniu, w latach 1983–2004 był jego prezesem. Od 1978 redaktor Polskiej Bibliografii Historycznej. Od 1967 członek Komitetu Nauk Historycznych Polskiej Akademii Nauk (w latach 1974–1981 oraz od 1984 członek Prezydium). W latach 1976–1980 członek Wojewódzkiego Komitetu w Toruniu oraz Ogólnopolskiego Komitetu Frontu Jedności Narodu. W latach 1986–1989 był członkiem Ogólnopolskiego Komitetu Grunwaldzkiego. W latach 1973–1978 pełnił funkcję prezesa Polskiego Towarzystwa Historycznego. Dzięki niemu powołano Olimpiadę Historyczną. Od 1991 był członkiem korespondentem, a od 1994 członkiem rzeczywistym Polskiej Akademii Nauk, a od 1990 Polskiej Akademii Umiejętności.

Był autorem ok. 500 prac, w tym ponad 15 książkowych (monografie i syntezy), ponad 100 artykułów naukowych i recenzji, 7 tomów źródeł (częściowo jako współwydawca) dotyczących m.in. historii Torunia, Pomorza, historii państwa i Zakonu Krzyżackiego w Prusach, Inflantach i Rzeszy, dziejów Prus Królewskich, dziejów Polski Jagiellońskiej w XV–XVI wieku oraz biografii Mikołaja Kopernika i jego dzieł ekonomicznych.