Koadiutor wielkiego mistrza zakonu krzyżackiego Po objęciu funkcji koadiutora wielkiego mistrza zakonu krzyżackiego Maksymilian III Habsburg stał się faktycznym zwierzchnikiem tego zgromadzenia. Ignorował fakt, że żyje jeszcze wiekowy Henryk von Bobenhausen. Odsunął go od spraw administracyjnych i zesłał do prowincjonalnego konwentu w Alzacji. Szybko też nie licząc się z prawem zakonnym zaczął używać insygniów wielkiego mistrza i w oficjalnej tytulaturze nazywać siebie wielkim mistrzem.
Pretendent do tronu polskiego
thumb|Kapitulacja Maksymiliana Habsburga pod Byczyną thumb|Jan Zamoyski bierze do niewoli arcyksięcia Maksymiliana Habsburga W 1586 roku po śmierci Stefana Batorego Maksymilian III został jednym z czterech kandydatów dynastii habsburskiej do tronu polskiego. Podczas wolnej elekcji na polu elekcyjnym w Woli w sierpniu 1587 roku arcyksiążę Maksymilian stał się głównym rywalem królewicza szwedzkiego Zygmunta Wazy. Popierały go: szlachta litewska, większość biskupów oraz wpływowy ród małopolski Zborowskich.