W 1416 odnotowana została Małgorzata, polska pani ze Złej Wsi.
W 1428 miejscowość była własnością zakonną leżącą w komturii toruńskiej i liczyła 9 łanów opuszczonych. W latach 1437-1438 wieś miała 36 łanów chłopskich płacących po połowie grzywny od łanu, z tego 20 łanów było osiadłych, a 16 opuszczonych. We wsi stała karczma, z której karczmarz płacił 3 wiardunki. W 1447 czynsz ze wsi wyniósł 11 grzywien i trzy skojce, a z młyna pływającego pobrano 5 grzywien.
W 1454 po wybuchu wojny trzynastoletniej toczonej pomiędzy państwem zakonu krzyżackiego a Koroną Królestwa Polskiego miejscowość zajęta została przez wojska koronne. W 1457 w spisie dawnych własności zakonnych, sporządzonym przez radę miasta Torunia, Zła Wieś znalazła się wśród wsi, o które miasto nie poprosiło króla polskiego Kazimierza IV Jagiellończyka. Czynsz ze wsi wraz z młynem wyniósł 11 grzywien i 3 skojce.
W 1466 na mocy traktatu toruńskiego podpisanego po zakończonej wojnie trzynastoletniej miejscowość została włączona do Korony Królestwa Polskiego. W 1558 miasto Toruń nadało Wojesławowi Szeszczułce prawo wybudowania młyna zbożowego o dwóch kołach wodnych.