Kościół zbudowano pod koniec XIV w. Po przebudowie był konsekrowany w 1581 r. przez biskupa warmińskiego Marcina Kromera. W czasie wojny polsko-krzyżackiej (1519–1521) wieś było we władaniu Michała Wernera zwanego Prusem, dowódcy krzyżackich wojsk zaciężnych.
W 1656 r. na 52 włókach gospodarzyło 13 chłopów i dwóch sołtysów. 6 włók należało do plebana a jedna była uposażeniem szkoły. W 1710 r. karczma wraz z czterema, należącymi do niej włokami, stanowiła własność burmistrza Pieniężna – Andrzeja Drommlera.
W 1783 r. we wsi było 40 domów, a Tolkowiec był wsią królewską z kościołem. W 1818 mieszkało we wsi 294 osób. W 1820 było 28 domów i 284 mieszkańców.
W 1887 r., po sześciu latach nauczania w szkole w Lamkowie, nauczycielka Otylia Kreutner została przeniesiona do Tolkowca (niedaleko od jej rodzinnej wsi Strubin), mimo że odwoływała się od tej decyzji, powołując się na to, że "w tamtej okolicy są zwyrodniali ludzie a ponadto pierwszym nauczycielem w Tolkowcu jest osoba nieodpowiednia – kawaler"Edward Martuszewski, "Coś z życia które minęło", Wydawnictwo Pojezierze, Olsztyn 1986, str. 154.