Na początku 1920 roku część sympatyków ruchu społecznego Precz od Wiednia i od Rzymu oraz wspierający ich duchowni postanowili ostatecznie zerwać jedność z Kościołem katolickim, nie widząc szans na uznanie swoich postulatów. W wyniku schizmy powstał narodowy Kościół Czechosłowacki, zorganizowany w patriarchat, który w początkach odwoływał się do tradycji i dorobku: św. Cyryla i św. Metodego, utrakwistów i braci czeskich. Sympatyzował również z prawosławiem i starokatolicyzmem. Z czasem jednak zbliżył się do haseł radykalnych grup protestantyzmu (uniwersalizm, unitarianizm), aby ostatecznie uformować własną oryginalną doktrynę w duchu modernizmu.
Pierwsze uroczyste nabożeństwo Kościoła Czechosłowackiego odprawiono 8 stycznia 1920 w kościele prawosławnym św. Mikołaja w Pradze. Pierwsza parafia powstała 15 stycznia 1920 w Radwanicach staraniem proboszcza Ferdinanda Stibora.
W 1924 roku w Kościele Czechosłowackim na skutek różnic w poglądach liderów nad przyszłością wspólnoty doszło do rozłamu. Wyodrębnił się z niego Kościół Prawosławny Czechosłowacji. Po śmierci pierwszego patriarchy Karela Farskýego Kościół zaczął się jeszcze bardziej liberalizować. W 1947 roku dopuścił do święceń duchownych kobiety. Od 2000 roku ordynuje kobiety na biskupki.