Równocześnie Jeremy próbuje stworzyć program materializacyjny: w odcinku Okrutny dylemat tworzy wersję do jednorazowego użytku, która została „zużyta” przez Yumi; w odcinku O włos materializuje włos Aelity; w odcinku Kod: Ziemia ostatecznie kończy prace nad aplikacją i przenosi Aelitę na Ziemię, sądząc, że pozwoli to na wyłączenie superkomputera. Okazuje się jednak, że Xana zaszczepił Aelicie wirusa, który nie pozwala na to.
Druga seria W drugiej serii Aelita otrzymuje ziemską tożsamość – jako Aelita Stones, kanadyjska kuzynka Odda, zamieszkuje w internacie i trafia do jednej klasy z Jeremym. Zaczyna miewać dziwne wizje, związane z położoną w głębi lasu Pustelnią oraz Franzem Hopperem, osobą w jakiś sposób związaną z Lyoko.
Jednocześnie Jeremy stara się zwiększyć szanse grupy w walce z Xaną: projektuje pojazdy, umożliwiające szybkie poruszanie się po Lyoko, oraz program wykrywający aktywne wieże. W odcinku Nowe terytorium odkrywa nowy, piąty sektor Lyoko o nazwie Kartagina. Znajdują się tam nie tylko dane niezbędne dla usunięcia wirusa Xany, ale też nowe potwory – pełzacze i scyfozoa (starająca się odebrać Aelicie wspomnienia). W odcinku Pan Pük grupa znajduje pamiętnik Franza Hoppera, który wyjaśnia kulisy stworzenia Lyoko i odkrywa prawdziwą tożsamość Aelity.